前作から登場したスタイルチェンジシステムに、グランドスタイル（BLACK版ではシャドースタイル）とバグスタイルという新たなスタイルが追加された。
ナビカスタマイザーの導入によって各スタイルの仕様が変更されており、元々持っている能力に加えて、スタイルのレベルが上がることで入手するナビカスプログラムを組み込むことにより、特殊効果が追加されるようになっている。また、所持できるスタイルの数は前作の2つまでから1つだけになった。
なお、『エグゼ2』において条件を満たすと発現し、4つのスタイルの特性を全て併せ持っていた「サイトスタイル」は、本作に登場しない(ただしナビカスのプログラムとしてその能力は得られる)。
スタイル
各スタイルの下に書いてあるものは、スタイルのレベルが上がることによって入手するナビカスプログラム。
ガッツスタイル
特徴
バスターの攻撃力が2倍になる。
バスター連射で、のけぞり効果があるガッツマシンガンが発動する。
発現条件：バスターとチャージショットを多用する。
入手できるプログラム
スーパーアーマー
攻撃を受けてものけぞらなくなる。そのため、攻撃を中断されることが無くなる。
ブレイクチャージ
チャージショットにブレイク効果（防御中の相手にもダメージ、置物破壊効果）が付加される。
ブレイクバスター
バスターにブレイク効果が付加される。
シールドスタイル
特徴
バトル開始直後からバリアが標準装備される。
プログラムを利用してタイミングよく攻撃を防ぐとHPが10%回復。
発現条件：防御、回復系チップを多用する。敵の攻撃を避ける比率が高い。
入手できるプログラム
ブロック
B＋←で防御出来るようになり、受けるダメージを半減させる。ブレイク攻撃も威力半減。
シールド
B＋←で攻撃を無効化するシールドを出せるようになる。ブレイク攻撃には無効。
リフレクト
B＋←で敵の攻撃を前方に反射するシールドを出せるようになる。ブレイク攻撃には無効。
カスタムスタイル
特徴
カスタム画面で選べるチップの枚数が1枚増加。
特定のウイルスをナビチップもバスター（ため撃ち）も使わずにバスティングレベルSで倒すと特殊なチップが入手できる。
発現条件：バトルチップを連続で選択して戦う。ADDを多用する。
入手できるプログラム
カスタム1
カスタム画面で選択できるチップの枚数を1枚増やす。
カスタム2
カスタム画面で選択できるチップの枚数を2枚増やす。
ブラザースタイル
特徴
フォルダに入れられるメガチップの枚数が1枚増加。
ナビ戦においてデリートタイムが20秒以内で、かつバスティングレベルSで倒すと特殊チップ（V4）が入手できる。
発現条件：ナビチップを多用する。
入手できるプログラム
メガフォルダ1
フォルダに入れられるメガチップの枚数を1枚増やす。
メガフォルダ2
フォルダに入れられるメガチップの枚数を2枚増やす。
グランドスタイル
特徴
チャージショットにパネルひび割れ効果が付加される（ヒートバーナーは攻撃が通った場所全てに効果がある）。
発現条件：地形変化系チップを多用する。
入手できるプログラム
セットグリーン
戦闘開始時、ノーマルパネルをクサムラパネルに置換する。
セットアイス
戦闘開始時、ノーマルパネルをアイスパネルに置換する。
セットマグマ
戦闘開始時、ノーマルパネルをマグマパネルに置換する。
セットサンド
戦闘開始時、ノーマルパネルをサンドパネルに置換する。
セットメタル
戦闘開始時、ノーマルパネルをメタルパネルに置換する。
セットホーリー
戦闘開始時、ノーマルパネルをホーリーパネルに置換する。
バグスタイル
特徴
下記の自分に有利なバグから2つと不利なバグから1つがランダムで発生する。
有利なバグ
バリア100標準装備、戦闘開始から10秒間無敵状態、カスタム画面で選べるチップ枚数が10枚、バスターの性能最大
不利なバグ
戦闘中かカスタム画面で徐々にHP減少、上下いずれかに勝手に動き続ける、3分の1の確率でバスターが空撃ち。
発現条件：バグを発生させた状態で戦い続ける。
入手できるプログラム
バグストッパー
ナビカスで発生したバグを抑える。バグスタイルのバグは抑えられない。
ダークライセンス
闇のチップをダークホール無しで使用できるようになる。
属性
スタイルに付加される属性は、前作と変わらず四属性である。弱点の属性攻撃を受けると、通常の2倍のダメージを受けてしまう。
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ヒート
炎属性。マグマパネルの上に乗ってもダメージを受けない。水属性に弱い。
溜め撃ち：ヒートバーナー（炎属性。横3マスを炎で攻撃）
アクア
水属性。アイスパネルの上に乗っても滑らない。雷属性に弱い。
溜め撃ち：アクアショット（水属性。前方の敵とその後ろ1マスを攻撃）
エレキ
電気属性。木属性に弱い。
溜め撃ち：ラビリング（電気属性。電気の輪を前方に発射し、当たった敵を麻痺させる）
ウッド
木属性。クサムラパネルの上に乗ると徐々にHPが回復。炎属性に弱い。
溜め撃ち：コガラシ（木属性。2マス前に竜巻を発生させる）
特殊パネル
前作から登場した特殊パネルに新たなパネルが追加された。
メタルパネル
ここにパネル破壊効果のあるバトルチップを当てても壊れない。それ以外はノーマルパネルと変わらない。
サンドパネル
移動速度が遅くなる。バトルチップ、トップウかスイコミを使うと風に乗って砂が飛び、敵に当たるとダメージ。砂が飛ぶとノーマルパネルに戻る。この上ではバトルチップ、トルネード系（ウッドスタイルのコガラシもこれに該当）の攻撃回数が2倍になる。また、一部のウィルスの攻撃を封じる。
その他の特殊パネルについては前作の特殊パネルの項目を参照。ただし、前作にあったマグネットパネルは本作にはない。